Om man vid en kontroll upptäcker att någonting på systemet blivit manipulerat och för att finna ut vad som hänt går man tillbaka i loggfiler samt kontrollerar buggrapporter för installerad programvara. Efter det att orsaken spårats och åtgärdats ska systemet återinstalleras från den säkerhetskopia som togs vid installationstillfället. Om man upptäckter ett fel i installerad programvara ska detta rättas till varefter en uppdaterad version av programvaran ska installeras.
Använd inte inkrementella backuper för återinstallation, då manipulation kan ha skett långt tidigare än vid själva upptäckten av intrånget.